新しい品種（ワーク）が増えたとき、自社の社員だけでプログラムを変更・追加できますか？

可能です。パレタイジングパッケージなどでは、箱のサイズ変更やパターンの切り替えをGUI（グラフィカルユーザーインターフェース）上の操作のみで完結できます。
プログラムの知識がなくても品種替えに素早く対応できるよう工夫されています。